近年，工程研究中心与国内外高等院校和科研机构及企事业单位保持紧密合作，开展联合研究及人才培养等。主要合作单位如下：

1. 国际高等院校：

美国麻省理工学院

美国杜克大学

英国杜伦大学

克兰菲尔德大学

2.国内高等院校、科研机构：

北京航空航天大学

南京航空航天大学

西北工业大学

中国航天科工集团有限公司第七研究院

中国航空研究院

3.企事业单位：

北航（四川）西部国际创新港科技有限公司

中航(成都)无人机系统股份有限公司

广州汽车集团股份有限公司

四川省低空空域协同运行中心

成都中科卓尔芯屏智能科技有限公司

成都赫尔墨斯科技股份有限公司

广东澄一科技有限公司

西安鑫风动力科技有限公司