智能空地融合载具及管控教育部工程研究中心严格遵循教育部《教育部工程研究中心建设与管理暂行办法》要求，构建了完善的组织管理体系。中心实行“学校领导下的中心主任负责制”，设主任1人、副主任4人，并配备专职办公室主任1人负责日常管理。管理机构采用三级架构：

技术委员会作为学术指导机构，由行业权威专家组成，负责制定中心发展战略、审定研究方向及年度工作计划；建设管理委员会由依托单位校长任组长，整合科技管理、人事、设备等多部门资源，统筹重大基建招标、项目监督及问题决策；办公室作为执行中枢，专职负责行政事务、档案管理及学术活动协调。

中心建立了包含《管理办法》《开放课题基金管理办法》等9项制度的规范化管理体系，实施大型仪器专人管理制度。科研项目及经费严格遵循学校科技管理规范，由校科技管理处与财务处协同监管，确保中心高效运行，持续推动西南地区智能载具领域的科技创新与人才培养。